Należy zachować ostrożność u pacjentów leczonych fluwoksaminą, która zwiększa stężenie melatoniny hamując jej metabolizm przez izoenzymy CYP1A2 i CYP2C19 cytochromu wątrobowego P450 (CYP). Należy unikać łączenia tych leków. Należy zachować ostrożność u pacjentów leczonych 5- lub 8-metoksypsoralenem, cymetydyną, estrogenami (np. środki antykoncepcyjne lub hormonalna terapia zastępcza), które zwiększają stężenie melatoniny poprzez hamowanie jej metabolizmu. Leki metabolizowane przez izoenzym CYP2C19 (cytalopram, omeprazol, lanzoprazol) spowalniają metabolizm egzogennie podawanej melatoniny i zwiększają jej biodostępność, prawdopodobnie poprzez hamowanie przemian hormonu do N-acetyloserotoniny. Inhibitory CYP1A2, takie jak chinolony, mogą prowadzić do zwiększenia ekspozycji na melatoninę. Leki indukujące aktywność CYP 1A2 (karbamazepina, ryfampicyna) mogą powodować zmniejszenie stężenia melatoniny w osoczu. Melatonina może nasilać właściwości uspokajające pochodnych benzodiazepiny i innych leków, takich jak zaleplon, zolpidem i zopiklon. Stosowanie melatoniny z tiorydazyną prowadzi do nasilonego „zamroczenia” w porównaniu ze stosowaniem samej tiorydazyny. Stosowanie melatoniny z imipraminą - do nasilonego uczucia rozluźnienia oraz trudności z wykonywaniem zadań. W piśmiennictwie znajduje się duża liczba danych dotyczących wpływu agonistów/antagonistów receptorów adrenergicznych, agonistów/antagonistów receptorów opioidowych, leków przeciwdepresyjnych, inhibitorów prostaglandyn, pochodnych benzodiazepiny, tryptofanu i alkoholu na wydzielanie endogennej melatoniny. Palenie papierosów może zmniejszać stężenie melatoniny w wyniku indukowania CYP1A2. Przyjmując produkt leczniczy nie należy spożywać alkoholu, gdyż zmniejsza on skuteczność działania nasennego produktu leczniczego.
W badaniach klinicznych oraz w spontanicznych raportach po wprowadzeniu do obrotu melatoniny zgłoszono niżej wymienione działania niepożądane. Wyszczególniono tylko działania niepożądane zaobserwowane w badaniach klinicznych, które występowały u pacjentów z częstością równą lub większą niż w grupie placebo. Zakażenia i zarażenia pasożytnicze: (rzadko) półpasiec. Zaburzenia krwi i układu chłonnego: (rzadko) leukopenia, małopłytkowość. Zaburzenia układu immunologicznego: (nieznana) reakcja nadwrażliwości. Zaburzenia metabolizmu i odżywiania: (rzadko) hipertriglicerydemia, hipokalcemia, hiponatremia. Zaburzenia psychiczne: (niezbyt często) drażliwość, nerwowość, niepokój, bezsenność, nietypowe sny, koszmary senne, lęk; (rzadko) zmiany nastroju, agresja, pobudzenie, płacz, objawy napięcia, dezorientacja, budzenie się wcześnie rano, zwiększone libido, nastrój depresyjny, depresja. Zaburzenia układu nerwowego: (niezbyt często) migrena, ból głowy, letarg, pobudzenie psychoruchowe, zawroty głowy, senność; (rzadko) omdlenia, zaburzenia pamięci, zaburzenia koncentracji, stan marzeniowy, zespół niespokojnych nóg, niska jakość snu, parestezje, zwiększenie liczby napadów padaczkowych u dzieci z uszkodzeniami ośrodkowego układu nerwowego i padaczką. Zaburzenia oka: (rzadko) zmniejszona ostrość widzenia, niewyraźne widzenie, nasilone łzawienie. Zaburzenia ucha i błędnika: (rzadko) zawroty głowy przy zmianie pozycji, zawroty głowy pochodzenia błędnikowego. Zaburzenia serca: (rzadko) dusznica bolesna, kołatanie serca, tachykardia. Zaburzenia naczyniowe: (niezbyt często) nadciśnienie; (rzadko) uderzenia krwi do głowy („uderzenia gorąca”). Zaburzenia żołądka i jelit: (niezbyt często) bóle brzucha, bóle w nadbrzuszu, dyspepsja, owrzodzenie jamy ustnej, suchość w jamie ustnej, nudności; (rzadko) choroba refluksowa przełyku, zaburzenia żołądkowo-jelitowe, pęcherze na błonie śluzowej jamy ustnej, owrzodzenie języka, rozstrój żołądka, wymioty, odbiegające od normy odgłosy perystaltyki jelit, wzdęcia, nadmierne wydzielanie śliny, cuchnący oddech, dolegliwości brzuszne, zaburzenia żołądkowe, zapalenie żołądka. Zaburzenia wątroby i dróg żółciowych (niezbyt często) hiperbilirubinemia. Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej: (niezbyt często) zapalenie skóry, pocenie się w nocy, świąd, wysypka, uogólniony świąd, suchość skóry; (rzadko) wyprysk, rumień, zapalenie skóry rąk, łuszczyca, ogólna wysypka, wysypka ze świądem, pokrzywka, zmiany chorobowe płytki paznokciowej, (nieznana) obrzęk naczynioruchowy twarzy, obrzęk języka. Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej: (niezbyt często) bóle kończyn; (rzadko) zapalenie stawów, skurcze mięśni, ból karku, skurcze w nocy. Zaburzenia nerek i dróg moczowych: (niezbyt często) cukromocz, białkomocz; (rzadko) wielomocz, hematuria, moczenie nocne. Zaburzenia układu rozrodczego i piersi: (niezbyt często) objawy menopauzalne; (rzadko) priapizm, zapalenie gruczołu krokowego, ginekomastia; (nieznana) mlekotok. Zaburzenia ogólne i stany w miejscu podania: (niezbyt często) astenia, ból w klatce piersiowej, obniżenie temperatury ciała; (rzadko) uczucie znużenia, bóle, pragnienie. Badania diagnostyczne: (niezbyt często) nieprawidłowe wyniki badań czynności wątroby, zwiększenie mc.; (rzadko) zwiększona aktywność enzymów wątrobowych, nieprawidłowe stężenie elektrolitów we krwi, nieprawidłowe wyniki badań laboratoryjnych.