Badania dotyczące interakcji przeprowadzono wyłącznie u dorosłych. Zaobserwowano, że melatonina indukuje izoenzym CYP3A in vitro w stężeniach przekraczających stężenia terapeutyczne. Znaczenie kliniczne tej obserwacji jest nieznane. W przypadku indukcji, może nastąpić zwiększenie redukcji stężeń w osoczu innych jednocześnie stosowanych produktów leczniczych. Melatonina nie indukuje enzymów CYP1A in vitro w stężeniach przekraczających stężenia terapeutyczne. W związku z tym, interakcje między melatoniną i innymi substancjami czynnymi w efekcie oddziaływania melatoniny na enzymy CYP1A najprawdopodobniej nie będą istotne. Metabolizm melatoniny następuje głównie przez enzymy CYP1A. W związku z tym, możliwe są interakcje między melatoniną i innymi substancjami czynnymi w efekcie ich oddziaływania na enzymy CYP1A. Należy zachować ostrożność u pacjentów leczonych fluwoksaminą, która zwiększa stężenia melatoniny (17-krotnie wartość AUC i 12-krotnie stężenie Cmax w surowicy), hamując jej metabolizm przez izoenzymy CYP1A2 i CYP2C19 cytochromu wątrobowego P450 (CYP). Należy unikać łączenia tych leków. Należy zachować ostrożność u chorych leczonych 5- lub 8-metoksypsoralenem (5 i 8-MOP), który zwiększa stężenia melatoniny poprzez hamowanie jej metabolizmu. Należy zachować ostrożność u chorych leczonych cymetydyną (inhibitor CYP2D), która zwiększa stężenia melatoniny w osoczu poprzez hamowanie jej metabolizmu. Palenie papierosów może zmniejszać stężenia melatoniny w wyniku indukowania CYP1A2. Należy zachować ostrożność u pacjentek stosujących estrogeny (np. środki antykoncepcyjne lub hormonalną terapię zastępczą), ponieważ produkty te zwiększają stężenia melatoniny poprzez hamowanie jej metabolizmu przez enzymy CYP1A1 i CYP1A2. Inhibitory CYP1A2, takie jak chinolony, mogą prowadzić do wzrostu ekspozycji na melatoninę. Induktory CYP1A2, takie jak karbamazepina i ryfampicyna, mogą powodować zwiększenie redukcji stężeń melatoniny w osoczu. W piśmiennictwie znajduje się duża liczba danych dotyczących wpływu agonistów/antagonistów receptorów adrenergicznych, agonistów/antagonistów opioidowych, leków przeciwdepresyjnych, inhibitorów prostaglandyn, pochodnych benzodiazepiny, tryptofanu i alkoholu na wydzielanie endogennej melatoniny. Nie prowadzono badań, dotyczących zaburzania przez te substancje czynne właściwości farmakodynamicznych lub farmakokinetycznych produktu, jak również nie badano odwrotnego zjawiska. Przyjmując produkt nie należy spożywać alkoholu, gdyż zmniejsza on skuteczność działania nasennego produktu leczniczego. Lek może nasilać właściwości uspokajające pochodnych benzodwuazepiny i innych leków, takich jak zaleplon, zolpidem i zopiklon. W badaniu klinicznym wyraźnie stwierdzono dowody przemijającej interakcji farmakodynamicznej między melatoniną i zolpidemem, 1 h po jednoczesnym podaniu dawek. Jednoczesne podawanie prowadziło do nasilonych zaburzeń uwagi, pamięci i koordynacji, w porównaniu ze stosowaniem samego zolpidemu. Melatonina była stosowana w badaniach równocześnie z tiorydazyną i imipraminą - substancjami czynnymi wpływającymi na OUN. W żadnym przypadku nie stwierdzono klinicznie istotnych interakcji farmakokinetycznych. Jednoczesne stosowanie melatoniny prowadziło jednak do nasilonego uczucia rozluźnienia oraz trudności z wykonywaniem zadań, w porównaniu z leczeniem samą imipraminą oraz nasilonego „zamroczenia” w porównaniu ze stosowaniem samej tiorydazyny.
W badaniach klinicznych (z udziałem ogółem 1931 pacjentów stosujących melatoninę i 1642 pacjentów otrzymujących placebo) działania niepożądane zgłoszono u 48,8% pacjentów leczonych melatoniną w porównaniu z 37,8% otrzymujących placebo. Porównując wskaźniki pacjentów z działaniami niepożądanymi na 100 pacjento-tygodni, wyższy wskaźnik odnotowano po placebo niż po melatoninie (5,743 dla placebo w porównaniu z 3,013 dla melatoniny). Do najczęstszych działań niepożądanych należały: ból głowy, zapalenie nosogardzieli, ból pleców i stawów, które - wg klasyfikacji MedDRA, występowały często, zarówno w grupie leczonej melatoniną, jak placebo. W badaniach klinicznych oraz w spontanicznych raportach po wprowadzeniu do obrotu melatoniny zgłoszono niżej wymienione działania niepożądane. W badaniach klinicznych działania niepożądane wystąpiły ogółem u 9,5% pacjentów leczonych melatoniną w porównaniu z 7,4% pacjentów otrzymujących placebo. Wyszczególniono tylko działania niepożądane zaobserwowane w badaniach klinicznych, które występowały u pacjentów z częstością równą lub większą niż w grupie placebo. Zakażenia i zarażenia pasożytnicze: (rzadko) półpasiec. Zaburzenia krwi i układu chłonnego: (rzadko) leukopenia, małopłytkowość. Zaburzenia układu immunologicznego: (nieznana) reakcje nadwrażliwości. Zaburzenia metabolizmu i odżywiania: (rzadko) hipertriglicerydemia, hipokalcemia, hiponatremia. Zaburzenia psychiczne: (niezbyt często) drażliwość, nerwowość, niepokój, bezsenność, nietypowe sny, koszmary senne, lęk; (rzadko) zmiany nastroju, agresja, pobudzenie, płacz, objawy napięcia, dezorientacja, budzenie się wcześnie rano, zwiększone libido, nastrój depresyjny, depresja. Zaburzenia układu nerwowego: (niezbyt często) migrena, ból głowy, letarg, pobudzenie psychoruchowe, zawroty głowy, senność; (rzadko) omdlenia, zaburzenia pamięci, zaburzenia koncentracji, stan marzeniowy, zespół niespokojnych nóg, niska jakość snu, parestezje. Zaburzenia oka: (rzadko) zmniejszona ostrość widzenia, niewyraźne widzenie, nasilone łzawienie. Zaburzenia ucha i błędnika: (rzadko) zawroty głowy przy zmianie pozycji, zawroty głowy pochodzenia błędnikowego. Zaburzenia serca: (rzadko) dusznica bolesna, kołatanie serca, tachykardia. Zaburzenia naczyniowe: (niezbyt często) nadciśnienie; (rzadko) uderzenia krwi do głowy („uderzenia gorąca”). Zaburzenia żołądka i jelit: (niezbyt często) bóle brzucha, bóle w nadbrzuszu, dyspepsja, owrzodzenie jamy ustnej, suchość w ustach, nudności; (rzadko) choroba refluksowa przełyku, zaburzenia żołądkowo-jelitowe, pęcherze na błonie śluzowej jamy ustnej, owrzodzenie języka, rozstrój żołądka, wymioty, odbiegające od normy odgłosy perystaltyki jelit, wzdęcia, nadmierne wydzielanie śliny, cuchnący oddech, dolegliwości brzuszne, zaburzenia żołądkowe, zapalenie żołądka. Zaburzenia wątroby i dróg żółciowych: (niezbyt często) hiperbilirubinemia. Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej: (niezbyt często) zapalenie skóry, pocenie się w nocy, świąd, wysypka, uogólniony świąd, suchość skóry; (rzadko) wyprysk, rumień, zapalenie skóry rąk, łuszczyca, ogólna wysypka, wysypka ze świądem, zmiany chorobowe płytki paznokciowej; (nieznana) obrzęk naczynioruchowy twarzy, obrzęk języka. Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej: (niezbyt często) bóle kończyn; (rzadko) zapalenie stawów, skurcze mięśni, ból karku, skurcze w nocy. Zaburzenia nerek i dróg moczowych: (niezbyt często) cukromocz, białkomocz; (rzadko) wielomocz, hematuria, moczenie nocne. Zaburzenia układu rozrodczego i piersi: (niezbyt często) objawy menopauzalne; (rzadko) piapizm, zapalenie gruczołu krokowego; (nieznana) mlekotok. Zaburzenia ogólne i stany w miejscu podania: (niezbyt często) astenia, ból w klatce piersiowej, obniżenie temperatury ciała; (rzadko) uczucie znużenia, bóle, pragnienie. Badania diagnostyczne: (niezbyt często) nieprawidłowe wyniki badań czynności wątroby, zwiększenie mc.; (rzadko) zwiększona aktywność enzymów wątrobowych, nieprawidłowy poziom elektrolitów we krwi, nieprawidłowe wyniki badań laboratoryjnych.